Los orígenes fundacionales del Club se remontan al año 1907. Cuenta la leyenda transmitida de generación en generación que varios jóvenes aficionados al fútbol se reunieron en un aula de la Escuela Sarmiento e impulsados por la idea de constituir un espacio para practicar el deporte que los movilizaba se organizaron y decidieron fundar un club al que llamaron Paraná Foot Ball Club.
Fue en el hogar de Lucio Arengo donde surgieron las primeras charlas y reuniones de aquel grupo de pioneros que formarían la primer Comisión Directiva. La Asamblea Fundadora tuvo lugar en la Escuela Domingo Faustino Sarmiento, días después de aquellos encuentros. En términos formales, oficialmente y acorde a las actas, el Club comenzó a existir el 16 de Junio de 1907. Es el tercer club de fútbol que se fundó en Paraná (luego del Estudiantes y Talleres), pero el primero de todos los que en la actualidad sostienen la práctica del futbol profesional.
Su primer presidente fue Alejandro Prieto y el nombre de la entidad, Paraná Foot Ball Club, a propuesta de Manuel E. Santos.
Entre los fundadores se encontraban: Pedro F. Mutio, J. Alejandro Prieto, Manuel E. Santos, Vicente Onaindia, Juan Monti, Cayetano Blanda, Godofredo Arigós, Ernesto Arengo, Carlos Luján, Aníbal S. Vásquez, Benito Turre, J. Antonio Mutio, Miguel Angel Arigós.
El origen popular está en el momento mismo de su nacimiento. La mayoría de los fundadores, como Pedro Mutio o Vicente Onaindia y otros humildes empleados del comercio, no podían hacer la práctica futbolística con los estudiantes de la Escuela Normal y del Colegio Nacional, que eran los lugares predilectos de jóvenes y niños para el desarrollo de ese deporte. Como consecuencia de esto es que nació la idea de fundar un club que no fuese de estudiantes para que ellos, al igual que miles de paranaenses, pudieran jugar al fútbol.
Los pasos iniciales fueron en el campo “Candioti”, un espacio público que fue creado por el entonces presidente del Consejo General de Educación, Manuel Antequeda. En el mandato de Prieto, el primer presidente del Club, Paraná jugó la Copa Pro Vencedores del año 1907 enfrentando al Colegio Nacional, Escuela Normal y Provincial, y al equipo de ingleses. Así de este modo, la naciente institución ya era parte del fútbol local, representando a quienes se propuso expresar e incorporándose de manera activa a la comunidad deportiva de la ciudad desde el comienzo de su existencia.
Los muchachos tenían muchas ganas de jugar y dar a conocer el flamante Club. Así que el primer partido lo tuvo a los 8 días apenas de su creación. El 24 de junio de 1907 Paraná disputó su primer encuentro en la cancha de Ferrocarril (FCER) enfrentando a Estudiantes del Colegio Nacional. El resultado fue un empate 2 a 2. Pero la revancha no se hizo esperar, y el en el segundo encuentro –el 30 de junio– el Gato ganó 3 a 0.
El apodo “Gato”, hoy asociado inconscientemente al Club Paraná para cualquier ciudadano de estas tierras, viene de Don Pedro F. Mutio, uno de los fundadores de la institución a quien cariñosamente le apodaron Gatito y, dada su identificación con el Club, el apodo fue trasladado al equipo. Tan hondo caló el apodo que luego se dio la inclusión del gatito junto a las rayas verticales características de su camiseta en los logos de la institución.
Otra anécdota, agrega además que el apodo tiene que ver con un momento complicado que atravesó el Club en un tramo de sus inicios, que lo llevó al borde de su dispersión. En esa anécdota, Pedro Mutio, tuvo un papel relevante convocando, reuniendo y arengando a quienes reconstruyeron la Comisión y rescataron así a la institución. Esas reuniones se desarrollaban durante la noche, en una precaria habitación que carecía de luz eléctrica, por lo que aquel grupo de apasionados muchachos se iluminaban con velas. De las reuniones nocturnas, a media luz, surgió la analogía con los gatos que utilizaron los rivales deportivos de aquél momento para bautizar a quienes integraban el equipo de fútbol.
Los logros y las figuras del Club no tardaron en llegar. El equipo formado por los fundadores jugó con el de los ingleses en la cancha de la Estación y gano. Allí nació la leyenda de dos gambeteadores muy especiales: Pedro Mutio y Lucio Cuadra. De su habilidad y del esfuerzo de todo el equipo, en 1913, el Club obtuvo la Copa Provencedores.
Las victorias se sumaron con el correr del tiempo. Atlético Paraná ganó la Copa Ernesto Montiel, de 1917, organizada por el Club Estudiantes en homenaje a un jugador fallecido el año anterior. Del torneo participaron además de la entidad organizadora, los equipos de Comercio, San Isidro, Racing y Atlético Paraná. Paraná se quedó con la copa luego de vencer a Comercio y San Isidro por 5 a 1, a Racing 4 a 0 y en la final, en un partido con gran asistencia de público, derrotó 2 a 1 a Estudiantes. El Gato se hacía camino en el futbol local.
En 1924, Paraná y Belgrano definieron mano a mano la Copa Gath y Chaves. El torneo se disputó en el campo que posee el Club Estudiantes en el Parque Urquiza. Hubo tres juegos, el tercero (el definitivo) fue ganado por Paraná. Y se dio así porque en el segundo partido, por un fallo del árbitro Santos Gervasutti que enervó los ánimos de la concurrencia se produjo una gresca entre jugadores y público, determinando la intervención policial y la suspensión el encuentro. Con una extraordinaria afluencia de público la final se volvió a disputar por tercera vez, en el mismo escenario, el día 3 de febrero de 1924. Ganó Paraná 1 a 0 con gol de D’Angelo de tiro libre. Tal vez ese sea uno de los inicios de las rivalidades entre El Mondonguero (Belgrano) y El Gato (Atlético Paraná), que dieron lugar al clásico más antiguo de la capital entrerriana. En 1927, el primer equipo del Club ganó el Campeonato de Honor patrocinado por la Liga Paranaense de Fútbol. La final se jugó en Belgrano y, con un categórico 5 a 1 sobre Talleres, el Gato se alzó con el título. En 1931 ganó el torneo de la Liga Paranaense de Futbol.
Otra fecha importante para el calendario deportivo del Atlético Paraná es el 4 de diciembre de 1949, cuando ascendió a Primera División A del futbol local, tras derrotar en cancha de Belgrano a Universitario por 2 a 1, ante un marco de más de cinco mil personas. Como en ese tiempo había inconvenientes con los árbitros, el juego fue dirigido por el juez británico Charles Dean. Ese año subió a Primera de la Liga Paranaense de Fútbol (LPF) donde jugó durante décadas y se convirtió en uno de los Clubes más ganadores de la categoría. Los años en que se coronó campeón fueron: 1910; 1918; 1924; 1931; 1945; 1947; 1949; 1951; 1956; 1961; 1962; 1963; 1971; 1973; 1975; 1976; 1978; 1979; 1980; 1983; 1993; 1999; 2000; 2002; 2003; 2004; 2005.
Ya en la gestión de José Cáceres salió campeón en el 2008 y 2011, en lo que fue el prólogo a los mayores logros deportivos de su historia como veremos más adelante.